El Instituto de Investigaciones Ambientales del Pacífico (IIAP), a través de convenio firmado con el INVIAS, asumió la responsabilidad de ejecutar el complemento de la Fase II para la navegabilidad del río Atrato, con énfasis en el componente socio-ambiental que permita identificar los ecosistemas, comunidades biológicas de flora y fauna, singularidades culturales y asentamientos humanos que deban protegerse en caso de desarrollarse las obras de infraestructura, como muelle multimodal ubicado en la ciudad de Quibdó y el muelle de carga en Tarena (Golfo de Urabá).El área de influencia indirecta del proyecto es la cuenca del Atrato y de manera directa es la franja de 494 kilómetros de longitud entre Quibdó y la desembocadura del Atrato en 10 kilómetros de ancho, tomando como eje el río, para lo cual se producirá cartografía básica y temática a escala
1:100.000. En los puntos que hubiera necesidad de hacer intervención física, se presentará a escala 1:10.000.
Durante el año 2008, la Universidad Tecnológica del Chocó había realizado los primeros estudios para la navegabilidad utilizando metodologías y tecnologías de punta que le permitan al país avanzar en el desarrollo de infraestructura de transporte para la competitividad.
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